根据2004年3月1日实施的《中华人民共和国知识产权海关保护条例》第三十二条的规定，知识产权权利人将其知识产权向海关总署备案的，应当按照国家有关规定缴纳备案费。
海关总署收取的备案费是为了弥补国家因海关实施知识产权保护而产生的财政支出。备案费为国家计划内收入，全部上缴国库。海关总署用于知识产权保护的行政支出全部来源于国家行政经费，不能自行从已经收取的备案费中支取。
二、缴费依据
经国家计委和财政部批准，海关总署自1997年3月1日起公布实施《关于知识产权海关保护备案的收费规定》。为执行新修订的《知识产权海关保护条例》，海关总署于2004年5月25日发布〔2004〕15号公告，对备案的收取重新作出规定。新的收费制度将于2004年7月1日起实施，而1997年7月1日起实施的《海关总署关于知识产权海关保护备案的收费规定》也将于2004年7月1日废止。
三、缴费标准
备案费收费标准为每件备案人民币800元。 所谓“每件备案”指申请人递交并经海关总署认可的每份申请。备案件数以权利证书的数量（商标注册证、专利证书）为准。
备案费为一次性收取的费用，即在备案有效期内，不再收取任何费用。备案申请人在有效期内申请续展或变更备案，也无需再缴费。但是，如果申请人在备案失效后重新提出备案申请，应按照规定的程序重新缴纳备案费。
如果在申请人缴纳备案费后，申请人准备放弃备案或其备案被海关总署注销，海关总署不再退还已经缴纳的备案费。
四、缴费时间
虽然备案费不是备案申请费，但是按照海关总署的规定，申请人还是应当在向海关总署提交备案申请前预先缴纳备案费，并在备案申请书中随附备案费银行转帐单的复印件。对未随附银行转帐单复印件的备案申请，海关总署不予受理；对依法不予备案的，海关总署应当向申请人退还备案费。
五、缴费方式
申请人应当在向海关总署提交备案申请前，通过银行将备案费转入海关总署的备案费专用帐户。海关总署不接受申请人通过邮局汇款或以现金、支票等其他形式缴纳备案费。 海关总署知识产权海关保护备案费帐户：
帐户名称：中华人民共和国海关总署
帐号：09014407044
汇入地址：北京市工行王府井支行营业室
申请人应在转帐单上“备注或汇款用途”栏中注明申请备案的知识产权的注册（授权/登记）号。海关总署将根据申请人提交的转帐单复印件确认备案费的到帐情况。